ปี พ.ศ. 2537 สำนักงานสามัญศึกษา ( สศจ. ) จังหวัดสตูล ได้รับหนังสือด่วนจากกรมสามัญศึกษา ว่าให้ดำเนินการหาที่ดินว่างเนื้อที่ประมาณ 50 ไร่ สักหนึ่งแปลงเพื่อจัดตั้งเป็นโรงเรียนวิทยาศาสตร์เฉลิมพระเกียรติองค์สมเด็จเจ้าฟ้าจุฬาภรณ์วลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี ของเขตการศึกษา 2 (ยะลา,ปัตตานี,นราธิวาส,สตูล) ขณะนั้น มีท่าน ผอ.อรุณ คงทน เป็นผู้อำนวยการสามัญศึกษาจังหวัด มีอาจารย์ยงยศ ใจสมุทร และ อาจารย์รัชนี งะสมัน เป็นผู้ช่วยผู้อำนวยการสามัญศึกษาจังหวัด